Le diagnostic du COVID-19 consiste en un test PCR réalisé sur un prélèvement nasopharyngé ou salivaire. «Ce test est très efficace pour identifier les personnes infectées, mais n’indique pas si elles sont infectieuses, c’est-à-dire capables de transmettre le virus à d’autres personnes», indique Isabella Eckerle, professeure au Département de médecine de la Faculté de médecine de l’UNIGE et responsable du Centre des maladies virales émergentes HUG-UNIGE, qui a dirigé ces travaux. «Or, la notion de contagiosité est essentielle pour décider de mesures collectives de prévention, comme les périodes d’isolement par exemple.»
Les tests PCR ne peuvent en effet que détecter la présence d’ARN viral, mais n’indiquent pas si le virus est toujours intact et capable de se propager. La mesure de la charge virale infectieuse passe ainsi obligatoirement par la mise en culture du virus pendant plusieurs jours dans un laboratoire de biosécurité P3, une procédure impossible à effectuer en routine.
Charge virale inférieure grâce à la vaccination
Depuis le début de la pandémie, les prélèvements effectués dans le centre de dépistage des HUG sont conservés à des fins de recherche, avec l’autorisation des personnes concernés. «Nous avons pu réanalyser des échantillons provenant des vagues précédentes de la maladie», explique Benjamin Meyer, chercheur au Centre de vaccinologie du Département de pathologie et immunologie de la Faculté de médecine.
«Nous avons ainsi mesuré la charge virale de 3 cohortes de patient-es pendant les 5 premiers jours suivant l’apparition de leurs symptômes afin de comparer la charge virale engendrée par le virus originel (118 personnes, printemps 2020), le variant Delta (293 personnes, automne 2021) et le variant Omicron BA.1 (154 personnes, hiver 2021-2022). Pour les deux dernières cohortes, nous avons également examiné si une différence notable pouvait être détectée entre les personnes vaccinées et non vaccinées.»
Globalement, la charge virale infectieuse de la cohorte Delta était significativement plus élevée que celle de la cohorte avec virus originel. Cependant, les personnes infectées par le variant Delta ayant reçu deux doses de vaccin à ARNm avaient une charge virale infectieuse significativement plus faible que les personnes non vaccinées. «Pour la cohorte Omicron, contrairement à ce que l’on peut supposer compte tenu de sa propagation rapide, la charge virale infectieuse était globalement inférieure à celle de la cohorte Delta», souligne Isabella Eckerle.
En revanche, seules les personnes ayant reçu une dose de rappel (donc trois doses au total) voyaient leur charge virale infectieuse diminuée; les personnes ayant reçu deux doses n’avaient à cet égard aucun bénéfice par rapport aux personnes non vaccinées. «Cela est cohérent d’un point de vue immunologique: de nombreux vaccins nécessitent 3 doses espacées de plusieurs mois pour induire une réponse immunitaire durable, par exemple celui contre l’hépatite B.» précise Isabella Eckerle.
Omicron: un variant très éloigné des précédents
Pourquoi le variant Omicron est-il si contagieux, si la charge virale qu’il induit est inférieure à ses prédécesseurs? «Nous l’ignorons encore, mais nos données suggèrent que d’autres mécanismes infectieux sont en jeu», détaille Pauline Vetter, cheffe de clinique au Centre des maladies émergentes HUG-UNIGE. «Il est maintenant clair que les mutations d’Omicron le différencient fortement des autres variants, ce qui lui permet d’échapper en partie au vaccin, et diminue l’efficacité de certains traitements antiviraux utilisés jusqu’ici.» La vaccination s’est néanmoins avérée utile pour limiter la survenue de symptômes graves de même que, très probablement, la transmission du virus. En effet, dans les pays où la population, surtout âgée, est peu vaccinée, Omicron s’est avéré tout aussi mortel.
L’étude genevoise montre en outre que les connaissances acquises pour les variants précédents doivent être actualisées à l’apparition de chaque nouveau variant afin d’adapter les moyens de lutte contre le COVID-19. «Au vu de nos résultats, la plus grande prudence devrait être de mise face à un virus dont on ne comprend pas toutes les évolutions et contre lequel les traitements actuellement disponibles perdent de leur efficacité», concluent les auteur-es.
